Amgala est sous le contrôle du Polisario à partir de fin 1975, suite à l'évacuation de tout le territoire à l'est de Smara par l'armée espagnole. Le village sert de point de ravitaillement pour la population sahraouie sur la route de l'exil en Algérie. Une garnison algérienne apporte officiellement son soutien logistique à cette opération, mais selon le Maroc il s'agit surtout de venir prêter main forte aux combattants du Polisario, .
En janvier 1976, un premier affrontement avec l'Algérie (surnommé « Amgala I ») tourne à l'avantage du Maroc : 100 soldats algériens sont capturés, les troupes algériennes évacuent le Sahara occidental tandis que les troupes marocaines prennent contrôle de l'oasis[3]. D'après le témoignage d'un ancien soldat marocain, au préalable, les Algériens avaient repoussé une attaque de l'armée mauritanienne.[4]
Le 14 février (« Amgala II »), une colonne blindée algérienne inflige de lourdes pertes matérielles et provocant la mort de quelques centaines de soldats de la petite garnison marocaine, puis se replie rapidement derrière la frontière mauritanienne[5]. Selon Anthony G. Pazzanita et Tony Hodges, il s'agit en fait d'une représaille menée par le Polisario
Le Polisario organise plusieurs attaques de guerilla durant les mois suivants. En décembre, 5 soldats marocains sont tués et plusieurs blessés[7].
Suite au cessez-le feu de 1979 entre la Mauritanie (auparavant alliée du Maroc) et le Polisario, celui-ci est libre de concentrer ses attaques sur les troupes marocaines, et les contraint à abandonner temporairement Amgala[8]. La suprématie aérienne du Maroc interdit toutefois au Polisario d'occuper durablement les lieux.
Le 8 novembre 1989, peu après un discours du roi Hassan II commémorant la Marche Verte et félicitant les FAR d'avoir « complètement maîtrisé » la situation militaire au Sahara occidental, le Polisario lance une attaque massive dans la région d'Amgala, franchissant le mur marocain sur 22 kilomètres [9][10]. Les combats intenses cessent dans la deuxième quinzaine du mois.